Fue fundada, con seguridad, por el emperador Tiberio que había luchado contra los cántabros y astures en su propósito de pacificar toda la península. Primero como un municipium romano; más tarde -quizá con Galba, o por lo menos desde Adriano-, convertida en Colonia. Fue capital de uno de los Conventos jurídicos, en los que estaba dividida la administración de la Provincia Citerior. El nombre completo de la ciudad fue: COLONIA CLUNIA SULPICIA. Colonia, por su condición jurídica de derecho romano; Clunia por su nombre prerromano arévaco; Sulpicia por el de la gens romana de Galba.
Ciudad de claro origen militar, en ella se fundó la VII Legión (Legio VII, Gemina), que habría de dar nombre y origen a la ciudad de León, levantada por Galba contra Nerón. Su papel, de todas maneras, fue sobre todo administrativo. Como centro del Convento jurídico, acudía a la ciudad a resolver sus problemas administrativos o pleitos y a mercado, todos los pueblos indígenas de su jurisdicción, sobre todo el grupo de lso arévacos y de los vacceos. Su territorio ocupaba la Cantabria hasta el Pais Vasco, junto a la actual frontera con Francia, por el Norte. Por el Este, llegaba hasta el valle del Ebro, en una líne de Briviesca al Moncayo. Por el sur, sigue el valle del Duero, hasta Segovia, siendo más o menos la línea del Esla, el límite occidental. Tan amplia jurisdicción explica las dimensiones de la ciudad y, en parte muy importante también, la grandiosidad y capacidad de sus edificios públicos.
Como centro administrativo, el conjunto de sus edificios nos revela la importancia de su vida política. Las excavaciones han sido, en este sentido, enormemente explícitas. Desde 1958 se ha descubierto los conjuntos públicos que definen, siempre, un centro político, jurídico y administrativo. Son, en primer lugar el Foro. Plaza pública mezcla de mercado, de tribunal de justicia en su basílica foral, y de culto en sus templos, en especial dedicados a la Tríada capitolina, sobre todo típico de ciudades coloniales. Además, existen los edificios de placer y de espectáculos. Clunia posee uno de los teatros romanos de España de mayor aforo. Caso 9500 asientos permiten acoger un público abundante, suponemos no todo residente en la propia ciudad. Y, finalmente, los edificios de baños públicos o termas, centro de recreo y también de reunión, tertulia, de encuentros de negocios, etc. Todo esto ha descubierto la excavación en estos años de trabajos continuados. El gran teatro es el primer monumento que se halla en la visita a las ruinas. Se construye aprovechando la roca del la Meseta tallando en ella las graderías media y superior. Queda el esqueleto dela gran fachada de la escena, frente a un paisaje castellano, rico y enormemente atractivo. La excavación proporciona abundantes restos de capiteles y escultura que ornamentó esta gran fachada, de la que sólo queda el soporte interior.
Las termas, en el camino hacia el centro de la ciudad, aparecen a la derecha de la actual -y provisional- carretera los dos grandes edificios de baños públicos. Los llamados Los Arcos I y Los Arcos II y están construidos por una construcción distribuida a base de un eje de simetría -Los Arcos I- en el que se suceden, desde el Oeste, probablemente la entrada, y a cada lado del eje, primero una palestra, con pórtico de columnas alrededor del centro abierto. Luego una habitación preparatoria del baño -un apoditerio- de la que se pasa albaño frío o frigidario, con su piscina; y de allí al baño templado o tepidario. Termina el recorrido en una única gran sala al centro del conjunto, es la cámara de baño caliente, en caldario. El segundo de los edificios se inicia, también, a través de una ampla palestra, una sala de preparación (el apoditerio), esta vez octogonal,originariamente cubierto por una cúpula; de éste se pasa al frigidario rectangular, con dos piscina, una grande y otra pequeña; de allí al tepidario y al caldario, y, finalmente, a una cámara circular, probablemente una sudationes lo que hoy llamaríamos sauna, de baño de vapor caliente. Mosaicos polícromos cubren sus suelos. Abundante material cerámico y de todo tipo se halló en la excavación.
El Foro. Al final de la visita, en el centro de la meseta, hay el Foro. Gran plaza pública, con un edificio -la basílica jurídica con su tribunal-, al Norte, está flanqueado por una serie seguida de tabernae, es decir, de tiendas de mercado. El centro, opuesto por el Sur a la basílica, ocupado por los restos del gran basamento del templo de Júpiter, o quizá mejor, de la Tríada capitolina, característico de las ciudades coloniales.
Una gran casa, la número 1, llamada también de Taracena, en recuerdo de este ilustre investigador de Clunia antes de esta fase de 1958, presenta, junto a su importante arquitectura, una bella muestra de mosaicos polícromos de mármol. Otros ejemplos de arquitectura privada se excavan al sur de la ermita de Castro. Es parte de la llamada Casa número 3, con bellísimo mosaico de cráteras y un pequeño edificio de termas, junto al Foro.